Bù trừ, thanh toán là bước thực hiện cuối cùng để hoàn tất quá trình giao dịch chứng khoán. Để thực hiện bù trừ và thanh toán giao dịch, toàn bộ dữ liệu về kết quả giao dịch chứng khoán của các Sở giao dịch chứng khoán (SGDCK) được chuyển sang Tổng công ty Lưu ký và Bù trừ chứng khoán Việt Nam (VSDC) sau khi được xác lập trên SGDCK (kết quả giao dịch chứng khoán phái sinh và trái phiếu riêng lẻ (TPRL) được các SGDCK gửi cho VSDC ngay sau khi xác lập theo từng giao dịch; kết quả giao dịch các chứng khoán khác được các SGDCK tổng hợp và gửi cho VSDC một lần vào cuối ngày sau khi kết thúc giao dịch).
Việc thanh toán giao dịch TPCP và giao dịch TPRL được VSDC thực hiện theo từng giao dịch ngay khi bên mua có đủ tiền và bên bán có đủ chứng khoán trên tài khoản. Đối với các chứng khoán khác, việc bù trừ tiền được VSDC thực hiện cho từng thành viên trên cơ sở bù trừ chung giữa số tiền được nhận và số tiền phải trả cho các giao dịch có cùng ngày giao dịch tại các SGDCK, cùng ngày thanh toán và tách biệt theo tài khoản của khách hàng trong nước, khách hàng nước ngoài và của chính thành viên. Riêng đối với chứng khoán phái sinh, nghĩa vụ thanh toán lỗ/lãi vị thế bằng tiền được xác định trên cơ sở bù trừ giữa số tiền phải trả, được nhận trên từng tài khoản nhà đầu tư (không tách biệt tài khoản của khách hàng trong nước, khách hàng nước ngoài và của chính thành viên) để xác định nghĩa vụ thanh toán ròng cho mỗi thành viên bù trừ

I. Bù trừ và thanh toán chứng khoán cơ sở
VSDC áp dụng các phương thức bù trừ và thanh toán dưới đây cho các giao dịch chứng khoán:
- Đối với giao dịch trái phiếu công ty niêm yết: VSDC thực hiện thanh toán theo kết quả bù trừ đa phương với thời gian thanh toán là T+1.
- Đối với giao dịch trái phiếu doanh nghiệp phát hành riêng lẻ: VSDC thực hiện thanh toán theo từng giao dịch với thời gian thanh toán là T+0.
- Đối với giao dịch cổ phiếu, chứng chỉ quỹ, chứng quyền: VSDC thực hiện thanh toán theo kết quả bù trừ đa phương với thời gian thanh toán T+2.
- Đối với giao dịch trái phiếu Chính phủ: VSDC thực hiện thanh toán theo từng giao dịch với thời gian thanh toán là T+1
Việc thanh toán giao dịch chứng khoán được thực hiện theo nguyên tắc:
- VSDC thực hiện thanh toán chứng khoán theo hình thức chuyển giao ghi sổ thông qua hệ thống tài khoản lưu ký của thành viên lưu ký bên mua và bán đồng thời điều chỉnh thông tin sở hữu tài khoản của người đầu tư mua và người đầu tư bán; Ngân hàng thanh toán (Sở giao dịch NHNN là NHTT tiền cho giao dịch TPCP; Ngân hàng VCB là NHTT tiền giao dịch TPRL; Ngân hàng BIDV là NHTT cho các chứng khoán cơ sở khác) thực hiện thanh toán tiền theo chỉ thị của VSDC thông qua hệ thống tài khoản tiền của các thành viên lưu ký mở tại Ngân hàng thanh toán.
- Thanh toán giao dịch chứng khoán được thực hiện theo nguyên tắc: việc chuyển giao chứng khoán tại VSDC diễn ra chắc chắn và đồng thời với việc chuyển tiền tại Ngân hàng thanh toán (nguyên tắc DVP - Delivery Versus Payment). Cơ chế thanh toán giao dịch DVP cho phép các bên tham gia giao dịch loại bỏ được các rủi ro về thanh toán, theo đó, bên mua và bán phải có đủ tiền và chứng khoán để đảm bảo khả năng thanh toán giao dịch chứng khoán.
- Trình tự và thủ tục thanh toán giao dịch chứng khoán cơ sở được quy định cụ thể tại các quy chế gồm:
+ Quy chế về hoạt động bù trừ thanh toán giao dịch chứng khoán tại VSDC ban hành kèm theo Quyết định số 15/QĐ-HĐTV ngày 10/8/2023 của Hội đồng Thành viên VSDC;
+ Quy chế hoạt động đăng ký, lưu ký và thanh toán giao dịch trái phiếu riêng lẻ ban hành kèm theo Quyết định số 27/QĐ-HĐTV ngày 10/8/2023 của Hội đồng Thành viên VSDC;
+ Quy chế hoạt động thanh toán giao dịch công cụ nợ của Chính phủ, trái phiếu được Chính phủ bảo lãnh do Ngân hàng chính sách phát hành và trái phiếu chính quyền địa phương ban hành kèm theo Quyết định số 16/QĐ-HĐTV ngày 10/8/2023 của Hội đồng Thành viên VSDC;

II. Bù trừ và thanh toán giao dịch chứng khoán phái sinh
VSDC áp dụng các phương thức bù trừ và thanh toán dưới đây cho các giao dịch chứng khoán phái sinh:
- Đối với giao dịch hợp đồng tương lai chỉ số: VSDC thực hiện thanh toán lãi lỗ hàng ngày vào ngày T+1 và thanh toán thực hiện hợp đồng vào ngày thanh toán cuối cùng (ngày làm việc liền sau ngày giao dịch cuối cùng).
- Đối với giao dịch hợp đồng tương lai Trái phiếu Chính phủ: VSDC thực hiện thanh toán lãi lỗ hàng ngày vào ngày T+1 và thanh toán thực hiện hợp đồng theo hình thức chuyển giao vật chất vào ngày thanh toán cuối cùng (ngày làm việc thứ 3 sau ngày giao dịch cuối cùng).

Việc thanh toán giao dịch chứng khoán phái sinh được thực hiện theo nguyên tắc:
- Đối giao dịch hợp đồng tương lai chỉ số: VSDC thực hiện xác định nghĩa vụ thanh toán tiền lãi lỗ vị thế của từng tài khoản và bù trừ theo từng thành viên bù trừ. Việc thanh toán được thực hiện thông qua Ngân hàng thanh toán (Ngân hàng TMCP Công thương Việt Nam).
- Đối giao dịch hợp đồng tương lai trái phiếu Chính phủ: VSDC thực hiện xác định nghĩa vụ thanh toán tiền/chứng khoán của từng tài khoản và bù trừ theo từng thành viên bù trừ. Việc thanh toán tiền được thực hiện thông qua Ngân hàng thanh toán (Ngân hàng TMCP Công thương Việt Nam), thanh toán chứng khoán được thực hiện trên hệ thống của VSDC. Nội dung về bù trừ và thanh toán giao dịch chứng khoán phái sinh được quy định tại Quy chế bù trừ và thanh toán giao dịch chứng khoán phái sinh tại VSDC ban hành kèm theo Quyết định số 12/QĐ-HĐTV ban hành ngày 10/08/2023 Hội đồng Thành viên VSDC.